提高集装箱房屋的防水性能是确保其耐用性和舒适性的关键。以下是几种有效的防水措施：

1、使用高质量的密封胶：在集装箱房屋的接缝处和屋顶边缘使用好的密封胶进行密封。这种密封胶能够有效防止水分渗透，并且具有较长的使用寿命。

2、屋顶防水处理：屋顶是集装箱房屋很容易漏水的地方。可以采用柔性防水层，如涂料或卷材，进行防水处理。铺设防水卷材时，确保基层干净，并在卷材反面和基层刷粘结胶，按基准线粘贴、辊压，再做接缝收头检查处理。

3、加强结构设计：在设计集装箱房屋时，考虑使用双层箱体、加厚保温层等措施，以提高房屋的防水和隔热性能。同时，确保门窗和管道等部件的防风、防水性能。

4、定期维护和检查：定期检查集装箱房屋的防水情况，特别是在暴雨季节前后。如果发现任何漏水迹象，及时进行维修和补胶。

5、防锈处理：集装箱房屋多采用钢材制造，防锈处理对其防水性能至关重要。可以通过在钢材表面涂敷防锈漆、采用不锈钢材料等措施，提高房屋的防锈和防水性能。

6、合理的排水设计：在集装箱房屋的周围设计合理的排水系统，防止雨水积聚在房屋基础周围，减少渗水风险。

7、使用防水材料：在建造和装修集装箱房屋时，尽量使用防水或防潮性能良好的材料，如防水石膏板、水泥纤维板等。

通过以上措施，可以显著提高集装箱房屋的防水性能，确保其在各种天气条件下都能保持良好的使用状态。